Το ΙΟΒΕ έχει την έδρα του στην οδό Τσάμη Καρατάσου στο Κουκάκι, στην ευρύτερη περιοχή Μακρυγιάννη του Δήμου Αθηναίων. Το κτίριο κατασκευάστηκε το 1934 και είναι  χαρακτηριστικό δείγμα αρχιτεκτονικής του Αθηναϊκού Μοντερνισμού. Αποτελεί, μαζί με το διπλανό «δίδυμο» κτίριο, έργο του αρχιτέκτονα Κωνσταντίνου Β. Σγούτα (1897-1983), ενός από τους σημαντικότερους αρχιτέκτονες του Μεσοπολέμου. Οι αστικές κατοικίες αποτελούν μεγάλο μέρος του έργου του, στο οποίο συγκαταλέγονται επίσης το Κολλέγιο Αθηνών στο Ψυχικό, η «Bενιζέλειος Σχολή» στην Καισαριανή, καθώς και κτίρια γραφείων, επαύλεων και βιομηχανικών συγκροτημάτων.

Χρησιμοποιήθηκε αρχικά ως κατοικία και περιήλθε στην κυριότητα του ΙΟΒΕ τον Αύγουστο του 1991 με δωρεά των ιδρυτών του, Δημήτρη Μαρινόπουλου, Δημήτρη Κυριαζή και Σπυρίδωνα Μαντζαβίνου. Έκτοτε, μετά τη μερική ανακατασκευή του σε χώρο γραφείων, αποτελεί την έδρα του ΙΟΒΕ, στεγάζοντας το επιστημονικό δυναμικό του Ιδρύματος, τις διοικητικές και λοιπές υπηρεσίες του.

Η περιοχή Μακρυγιάννη, στους πρόποδες της Ακρόπολης, δεν επιλέχθηκε τυχαία από τους ιδρυτές του ΙΟΒΕ για την έδρα του. Αποτέλεσε συνοικία προσωπικοτήτων των γραμμάτων και του πολιτισμού και είναι συνδεδεμένη με σπουδαία ιστορικά και πολιτισμικά στοιχεία της ταυτότητας της Αθήνας, ενώ η γειτνίαση με το κέντρο της πόλης και την Λεωφ. Συγγρού, κατέστησε την περιοχή ιδανική για τη στέγαση ενός εξωστρεφούς Ιδρύματος. Μεταγενέστερα, η γραμμή του Μετρό επέτρεψε ευκολότερη πρόσβαση.

Με απόφαση του Δ.Σ. το 2020 και πρωτοβουλία του αείμνηστου Προέδρου του, Οδυσσέα Κυριακόπουλου, το ΙΟΒΕ προχώρησε στο έργο κτιριακής και ψηφιακής αναβάθμισης της έδρας του με στόχο τη δημιουργία ενός λειτουργικού, ασφαλούς, ψηφιακά και ενεργειακά σύγχρονου χώρου εργασίας για την εξασφάλιση υψηλής εργασιακής εμπειρίας και την εξυπηρέτηση φιλοξενίας συναντήσεων, συσκέψεων και εκδηλώσεων. Το έργο ολοκληρώθηκε το φθινόπωρο του 2024, χάρις σε σημαντικές δωρεές και χορηγίες επιχειρήσεων, οργανισμών και ιδιωτών, που ακολούθησαν μια σημαντική δωρεά της εταιρείας Raycap και του αείμνηστου Κώστα Αποστολίδη, μέλους του Δ.Σ. του Ιδρύματος. Η συνολική διαχείριση του έργου της κτιριακής αναβάθμισης ήταν ευγενική προσφορά της εταιρείας DIMAND Α.Ε.

Το ΙΟΒΕ εκφράζει τη βαθιά ευγνωμοσύνη του σε όλους τους χορηγούς της αναβάθμισης του κτιρίου για την υποστήριξη τους.

Οφείλει ειδική αναγνώριση στους κορυφαίους χορηγούς (Raycap, DIMAND, Όμιλος ΒΙΟΧΑΛΚΟ, Όμιλος ΤΙΤΑΝ, Οδυσσέας Κυριακόπουλος, Παναγιώτης Λασκαρίδης, Θεόφιλος Πριόβολος, Metlen Energy, Παπαστράτος ΑΒΕΕ, Ίδρυμα «Καπετάν Βασίλη και Κάρμεν Κωνσταντακοπούλου», LAMDA Development), τους μεγάλους χορηγούς (COSMOTE-TELECOM, Bespoke SGA Holdings – Θεοδωρόπουλος Σπύρος, Ίδρυμα Γεωργίου και Βικτωρίας Καρέλια, Όμιλος Quest, HELLENIQ ENERGY, Όμιλος EUROLIFE, NaviMax, Electra Management S.A., KLEEMANN, ΟΠΤΙΜΑ Α.Ε.) καθώς και τους άλλους σημαντικούς χορηγούς μας (Πυραμίς Μεταλλουργία Α.Ε, Octane S.A., Karatzas & Partners Law Firm, Fourlis Holdings S.A., ΠΛΑΙΣΙΟ COMPUTERS ΑΕΒΕ, Αβραάμ Τσουκαλίδης, Vitex A.E., LION & TURTLE S.A., Βασίλης Νειάδας, Χρυσαφίδης Α.Ε., BASF Hellas S.A., ΠΑ.Σ.Ε.Κ.Τ, Στέφανος Καψάσκης).

Το νέο κτίριο, έχοντας διατηρήσει την ιστορική του φυσιογνωμία, αποτελεί έναν υψηλής ποιότητας χώρο για τους εργαζόμενους και τους επισκέπτες, ενώ συμβάλλει στην αναβάθμιση της ευρύτερης περιοχής.